1、职位不同。
科员一依照《中华人民共和国公务员法》对应的为一级科员；科员二依照《中华人民共和国公务员法》对应的为二级科员。
2、定级不同。
科员一的定级条件依照《新录用公务员任职定级规定》为二十六级至十八级；科员二的定级条件依照《新录用公务员任职定级规定》为二十七级至十九级。
3、晋升要求不同。
依照《公务员职务与职级并行规定》内容，晋升一级科员，应当任二级科员2年以上。
公务员晋升职级资格：
1、晋升一级巡视员，应当任厅局级副职或者二级巡视员4年以上；
2、晋升二级巡视员，应当任一级调研员4年以上；
3、晋升一级调研员，应当任县处级正职或者二级调研员3年以上；
4、晋升二级调研员，应当任三级调研员2年以上；
5、晋升三级调研员，应当任县处级副职或者四级调研员2年以上；
6、晋升四级调研员，应当任一级主任科员2年以上；
7、晋升一级主任科员，应当任乡科级正职或者二级主任科员2年以上；
8、晋升二级主任科员，应当任三级主任科员2年以上；
9、晋升三级主任科员，应当任乡科级副职或者四级主任科员2年以上；
10、晋升四级主任科员，应当任一级科员2年以上。
法律依据：
《中华人民共和国公务员法》（2018年12月29日第十三届全国人民代表大会常务委员会第七次会议修订）第三章第十九条：
综合管理类公务员职级序列分为：一级巡视员、二级巡视员、一级调研员、二级调研员、三级调研员、四级调研员、一级主任科员、二级主任科员、三级主任科员、四级主任科员、一级科员、二级科员。